Shinjû: Una Historia de Amor narra la historia de Kusunoki Noel, una chica marginada y herida por la vida. En la escuela, sufre discriminación por su ascendencia mixta; en casa, sufre abusos por parte de su padrastro. Su vida parece un túnel interminable de soledad, hasta que encuentra una revista literaria en la biblioteca de la escuela. Entre las páginas, una historia que parece reflejar su propio dolor, escrita por Toyama Eishin, un chico que comparte su desesperación. Su familia, marcada por las heridas y el abuso, lo ha obligado a vivir con la sombra del suicidio como única salida. Ambos se acercan, compartiendo no solo su dolor, sino también la esperanza de una salida. Noel, cautivada por la intensidad de lo que lee y experimenta, decide dedicarse por completo a Eishin.